其次，早期減排行動(dòng)未被考慮，導(dǎo)致“劣幣驅(qū)逐良幣”。在中央財(cái)經(jīng)大學(xué)能源與金融研究中心組織的一次企業(yè)調(diào)研中，被調(diào)研的許多國(guó)有企業(yè)和外資企業(yè)，在“十一五”和“十二五”期間已經(jīng)進(jìn)行了較多的節(jié)能改造活動(dòng)，進(jìn)一步減排的空間相對(duì)較小，成本較高。這些早期的貢獻(xiàn)并未在配額分配方案中考慮，使其獲得較少的配額。同時(shí)，一些環(huán)保類項(xiàng)目能耗較高，導(dǎo)致當(dāng)前排放增加，與碳減排政策產(chǎn)生了一定的沖突，也制造了一定的不公平性。  

此外，企業(yè)檢修、事故意外等突發(fā)情況未被考慮。大部分生產(chǎn)型企業(yè)每?jī)扇赀M(jìn)行一次大規(guī)模檢修，檢修時(shí)間為1~3個(gè)月不等。而如果采用歷史法計(jì)算平均值時(shí)，若未將其剔除，使得配額分配過(guò)少。此外涉及能源安全的行業(yè)，如石化等，會(huì)面臨政府安排的計(jì)劃外生產(chǎn)任務(wù)，使得企業(yè)面臨額外的排放成本。  

歷史法雖然提高了監(jiān)測(cè)報(bào)告核查體系（MRV）的運(yùn)行效率，降低了初始成本，但是帶來(lái)了顯著的公平問(wèn)題，極大增加了市場(chǎng)運(yùn)行成本。這些公平問(wèn)題一方面是由于經(jīng)濟(jì)周期等外部客觀因素造成的，另一方面則是因?yàn)镸RV方法學(xué)體系缺乏自我糾錯(cuò)機(jī)制，無(wú)法適應(yīng)復(fù)雜的企業(yè)狀況。不合理的分配結(jié)果貢獻(xiàn)了市場(chǎng)上的部分交易量，個(gè)別企業(yè)甚至抱怨其交易活動(dòng)完全是由于分配不合理造成的。