美國污染物排放許可制度起源于1899年《廢物法》（Refuse Act）設(shè)立的廢物法許可證項目（Refuse Act Permit Program，RAPP）。其發(fā)展歷程大致可分為3個階段：

第一個階段（聯(lián)邦許可證實施前階段，1972年之前），此階段關(guān)于許可證的規(guī)定主要體現(xiàn)在地方性法案中。例如：加州空氣質(zhì)量許可起源于1940年代的洛杉磯煙霧事件，1940年通過《加州空氣污染控制法案》，在每個縣成立地方性的“空氣管理區(qū)”，允許管理區(qū)設(shè)立許可計劃。要求對工業(yè)源實施排放控制，并強(qiáng)制執(zhí)行，并可以撤銷任何不合規(guī)源的許可證。事實上，當(dāng)時聯(lián)邦層面也試圖推動許可制度，但未成功。1970年，經(jīng)總統(tǒng)令授權(quán)，美國環(huán)保局與美國陸軍工程團(tuán)聯(lián)合實施許可證項目。遺憾的是，1971年，RAPP因被俄亥俄州聯(lián)邦法庭的決議否決而廢止。

第二個階段（聯(lián)邦許可證法制化形成和實施初步階段，1972-1977年），1972年《清潔水法》設(shè)立了國家污染物排放消除制度（National Pollutant Discharge Elimination Systems，NPDES）許可證項目，標(biāo)志著聯(lián)邦開始采用排污許可證管理環(huán)境污染問題。之后，1974年《安全飲用水法》下設(shè)立地下灌注控制許可證，對地下灌注活動進(jìn)行管理；1976年《資源保護(hù)與恢復(fù)法》下設(shè)立危險廢物許可證，對危險廢物的處理、貯存和處置進(jìn)行管理；1977年《清潔空氣法》下設(shè)立新源審查許可證（也稱為“建設(shè)前許可證”）項目。

第三個階段（聯(lián)邦許可證發(fā)展和完善階段，1977年后），排污許可證所管理污染源的范圍不斷擴(kuò)大，管理更加精細(xì)化。

對污水許可證而言，涵蓋范圍逐漸增加，由常規(guī)污染物到有毒污染物。NPDES許可證初期，大部分的行業(yè)還沒有全國統(tǒng)一的排放限值指南，許可證的排放限值由許可證編寫者根據(jù)最佳專業(yè)判斷確定限值。隨著控制技術(shù)的進(jìn)步和各界的推動，1977年，國會對《清潔水法》進(jìn)行了修訂，改進(jìn)了NPDES項目，將關(guān)注點從常規(guī)污染物轉(zhuǎn)向控制有毒的污染物。1987年，《清潔水法》修訂中加入了對工業(yè)和市政雨水排放的許可證要求。1990年，各州開始實施NPDES雨水許可證項目。2008年，美國環(huán)保局開始實施NPDES船舶一般許可證項目，對商業(yè)船只的壓載水、船底污水、灰水和防污油漆等的排放進(jìn)行管理。2011年，農(nóng)藥一般許可證項目開始實施，具體由美國環(huán)保局或獲得授權(quán)的各州負(fù)責(zé)，對農(nóng)藥使用引起的排放進(jìn)行控制，包括殺滅蚊蟲、藻類、動物害蟲控制等。

對空氣污染許可證而言，最初只針對新改擴(kuò)建項目，1990年《清潔空氣法》設(shè)立運(yùn)營許可證項目，對大型固定源（包括新源和現(xiàn)源）進(jìn)行管理，許可證的管理范圍不斷擴(kuò)大。實施運(yùn)營許可證的目的是合并和簡化聯(lián)邦、州、部落和地方當(dāng)局所有關(guān)于空氣污染控制的要求，制定一個單一的、全面的“運(yùn)營許可證”，覆蓋一個排放源一年內(nèi)所有的空氣污染排放活動，以幫助排放源所有者和運(yùn)營者理解和遵守管制規(guī)定，促進(jìn)空氣質(zhì)量改善。目前，美國未要求非大型固定源申請運(yùn)營許可證。