歐盟ETS初始配額分配方式從一開(kāi)始就倍受爭(zhēng)議。在第一階段，95%初始排放配額都免費(fèi)發(fā)放給各企業(yè)，即按企業(yè)現(xiàn)實(shí)排放量(Grandfathering)發(fā)放，其余5%拍賣給后進(jìn)入ETS的企業(yè)。在第二階段，免費(fèi)配額的比例降到90%，按預(yù)先設(shè)定的績(jī)效標(biāo)準(zhǔn)(Benchmarking)分配，拍賣額度上升到10%，仍占很小的比例。這樣的方式受到不少人，尤其是經(jīng)濟(jì)學(xué)家的抨擊。

經(jīng)濟(jì)學(xué)家們對(duì)排放配額的初始分配，毫無(wú)例外地推舉拍賣方式，因?yàn)閺?a href="http://m.bjruji.com/tanshichang/" target="_blank" class="relatedlink">市場(chǎng)效率來(lái)看，拍賣是實(shí)現(xiàn)最低減排成本的最佳途徑。而企業(yè)因涉及自身利益而支持無(wú)償分配，它們認(rèn)為通過(guò)拍賣來(lái)獲得配額將導(dǎo)致成本增加，降低其國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)力。企業(yè)因逐利而不贊同ETS，尤其反對(duì)配額拍賣，這是無(wú)法避免的。當(dāng)一些壟斷巨頭如能源行業(yè)等反對(duì)配額拍賣方式時(shí)，歐盟委員會(huì)為了讓ETS“軟著陸”，采取了免費(fèi)配置為主，輔以拍賣的政策，這不失為一種折中的妥協(xié)方式。

拍賣配額的比例在第二階段看似有所增加(從5%上升到10%)，其實(shí)有些國(guó)家根本不需拍賣配額，因?yàn)榕馁u主要針對(duì)新企業(yè)或新項(xiàng)目使用，而現(xiàn)實(shí)中這種情況并不太多，所以只有11個(gè)國(guó)家必須用到拍賣，而每年拍賣的排放配額也只有750萬(wàn)噸，僅占總量的4%。