PPP模式的組織形式非常復(fù)雜，既可能包括私人營利性企業(yè)、私人非營利性組織，同時還可能包括公共非營利性組織（如政府）。合作各方之間不可避免地會產(chǎn)生不同層次、類型的利益和責(zé)任上的分歧。只有政府與私人企業(yè)形成相互合作的機(jī)制，才能使得合作各方的分歧模糊化，在求同存異的前提下完成項(xiàng)目的目標(biāo)。

PPP模式的機(jī)構(gòu)層次就像金字塔一樣，金字塔頂部是政府，是引入私人部門參與基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項(xiàng)目的有關(guān)政策的制定者。政府對基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項(xiàng)目有一個完整的政策框架、目標(biāo)和實(shí)施策略，對項(xiàng)目的建設(shè)和運(yùn)營過程的各參與方進(jìn)行指導(dǎo)和約束。金字塔中部是政府有關(guān)機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)對政府政策指導(dǎo)方針進(jìn)行解釋和運(yùn)用，形成具體的項(xiàng)目目標(biāo)。金字塔的底部是項(xiàng)目私人參與者，通過與政府的有關(guān)部門簽署一個長期的協(xié)議或合同，協(xié)調(diào)本機(jī)構(gòu)的目標(biāo)、政策目標(biāo)和政府有關(guān)機(jī)構(gòu)的具體目標(biāo)之間的關(guān)系，盡可能使參與各方在項(xiàng)目進(jìn)行中達(dá)到預(yù)定的目標(biāo)。這種模式的一個最顯著的特點(diǎn)就是政府或者所屬機(jī)構(gòu)與項(xiàng)目的投資者和經(jīng)營者之間的相互協(xié)調(diào)及其在項(xiàng)目建設(shè)中發(fā)揮的作用。PPP模式是一個完整的項(xiàng)目融資概念,但并不是對項(xiàng)目融資的徹底更改,而是對項(xiàng)目生命周期過程中的組織機(jī)構(gòu)設(shè)置提出了一個新的模型。它是政府、營利性企業(yè)和非營利性企業(yè)基于某個項(xiàng)目而形成以“雙贏”或“多贏”為理念的相互合作形式,參與各方可以達(dá)到與預(yù)期單獨(dú)行動相比更為有利的結(jié)果，其運(yùn)作思路如圖所示。參與各方雖然沒有達(dá)到自身理想的最大利益，但總收益即社會效益卻是最大的,這顯然更符合公共基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)的宗旨。