配額分配方法的確定對(duì)于配額分配至關(guān)重要。分配方法一旦確定，納入企業(yè)的配額數(shù)量也基本確定，“自底向上”的各省ETS覆蓋下的排放上限隨之確定。分配方法的確定主體可以是中央政府，也可以是各省級(jí)政府。

由中央政府確定分配方法，有利于保持市場(chǎng)的“統(tǒng)一性”，確保全國(guó)市場(chǎng)總體目標(biāo)的實(shí)現(xiàn)。首先，可以避免各省單獨(dú)確定分配方法，“競(jìng)底效應(yīng)”導(dǎo)致配額過(guò)剩、社會(huì)總體減排成本增加，及區(qū)域競(jìng)爭(zhēng)力扭曲。其次，統(tǒng)一分配方法的權(quán)威性更強(qiáng)。第三，采用統(tǒng)一分配方法，能夠從總體上調(diào)節(jié)不同行業(yè)間的配額分布，有利于與國(guó)家層面的產(chǎn)業(yè)政策保持協(xié)調(diào)，避免可能導(dǎo)致效率低下的地方保護(hù)行為。

中央政府確定統(tǒng)一分配方法也存在缺點(diǎn)。一是省級(jí)政府缺乏自主權(quán)，會(huì)影響ETS降低各省實(shí)現(xiàn)碳排放控制總體目標(biāo)成本的效果。由于區(qū)域發(fā)展情況不同，各地可能對(duì)不同行業(yè)的發(fā)展采取不同的態(tài)度，而配額分配是體現(xiàn)這種態(tài)度的重要方式。例如，發(fā)達(dá)地區(qū)可以通過(guò)減少免費(fèi)配額數(shù)量，刺激高排放行業(yè)轉(zhuǎn)移，促進(jìn)實(shí)現(xiàn)產(chǎn)業(yè)升級(jí)。但全國(guó)統(tǒng)一方法可能削弱這種影響。二是信息不對(duì)稱(chēng)顯著。確定配額分配方法，需要考慮地區(qū)和企業(yè)層面排放和發(fā)展情況，由中央政府統(tǒng)一確定的成本較高。地方政府則對(duì)企業(yè)情況更為了解，而且和企業(yè)有較好的協(xié)商機(jī)制，能夠降低成本。三是統(tǒng)一方法無(wú)法考慮到各地企業(yè)的情況差異。例如，由于能源資源稟賦、技術(shù)水平等的差異，不同地區(qū)同一行業(yè)的排放特點(diǎn)可能不同。若采用統(tǒng)一方法，可能導(dǎo)致“鞭打快?！钡炔还?a target="_blank" class="relatedlink">問(wèn)題。

省級(jí)政府作為決策主體的優(yōu)缺點(diǎn)和中央政府作為決策主體正好相反。優(yōu)點(diǎn)有：能夠充分體現(xiàn)區(qū)域差異;發(fā)揮地方政府的自主性，體現(xiàn)其產(chǎn)業(yè)政策特點(diǎn);信息不對(duì)稱(chēng)程度低，確定方案的被接受程度較高，成本較低。

該方式主要有兩個(gè)缺點(diǎn)。一是過(guò)于分權(quán)可能導(dǎo)致“囚徒困境”。省級(jí)政府出于對(duì)本省工業(yè)行業(yè)的保護(hù)，會(huì)傾向于制定較為寬松的分配方法，造成配額過(guò)剩。從而使非ETS部門(mén)承擔(dān)過(guò)多的減排責(zé)任，ETS的排放總量、省級(jí)ETS覆蓋部分的排放總量和企業(yè)三個(gè)層面的配額數(shù)量相等。

增加碳排放控制的總體成本，影響ETS的實(shí)施效果。二是差異化的分配方法可能導(dǎo)致區(qū)域間企業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力的扭曲，進(jìn)而引起競(jìng)爭(zhēng)力受到影響地區(qū)企業(yè)和政府的不滿，影響ETS的實(shí)施。而且，按照我國(guó)的政策傳統(tǒng)，全國(guó)統(tǒng)一的政策體系應(yīng)該有統(tǒng)一的指導(dǎo)方案，否則會(huì)影響統(tǒng)一市場(chǎng)的形成。

配額分配時(shí)要保證全國(guó)ETS的排放總量省級(jí)ETS覆蓋部分的排放總量和企業(yè)三個(gè)層面的配額數(shù)量相等。

全國(guó)ETS總量的確定方式、省級(jí)ETS總量的確定方式、企業(yè)配額分配方法的確定主體，這三方面問(wèn)題都有多種政策選擇，根據(jù)不同選擇的組合，理論上最多有12種分配方式。

確定全國(guó)統(tǒng)一ETS的配額分配方式，其核心是確定中央政府和省級(jí)政府間的決策權(quán)分配，需要在不同政策選擇之間進(jìn)行協(xié)調(diào)與權(quán)衡。中央政府擁有較大決策權(quán)，有利于統(tǒng)一市場(chǎng)的形成，提高ETS的經(jīng)濟(jì)效率;但很難充分考慮地區(qū)差異和地方特點(diǎn)，可能限制地方政府的行政空間，而且實(shí)施成本較高。若地方政府有較大的決策權(quán)，則可以充分考慮地方特點(diǎn)，發(fā)揮ETS幫助地方政府低成本實(shí)現(xiàn)碳排放控制總體目標(biāo)的作用，且能降低信息不對(duì)稱(chēng)引起的實(shí)施成本;但可能由于“囚徒困境”導(dǎo)致“競(jìng)底效應(yīng)”，造成配額分配過(guò)量，使非ETS部門(mén)承擔(dān)過(guò)多的減排責(zé)任，增加碳排放控制的總體成本。